Sejarah pembentukan MIN 2 Magelang bermula dari sebuah Madrasah Diniyah (MADIN) yang didirikan oleh tokoh agama setempat di Kerten, yang kemudian berkembang menjadi MI Ma’arif Kerten. Pada tahun 1993, lembaga ini resmi mengalami penegerian berdasarkan keputusan Menteri Agama dengan nama MI Negeri Krincing. Identitas tersebut terus melekat hingga tahun 2018, sebelum akhirnya bertransformasi menjadi MIN 2 Magelang sampai sekarang.
